Cet observatoire est fondé en lien d’une part avec l’Observatoire national de la laïcité et d’autre part avec les municipalités de Besançon et de Dijon et dont le champ d’action s’étend sur la région Bourgogne-Franche-Comté avec des points relais dans chaque département de la région. Il a un rôle de veille et de sensibilisation éducative et culturelle et a pour vocation la promotion des valeurs fondamentales de la République, dont notamment celles qui découlent du principe de laïcité.